Здание Школы построено в период 1936-1937 гг. В 2017 школе исполнилось 80 лет.
Изначально учреждение было мужской гимназией. В военные годы в школе размещался госпиталь. В 1964 к зданию школы был пристроен спортивный зал и надстроен 4-й этаж. До 1992 учреждение реализовывало среднее общее образование. С 1992 по 1995 в школе отсутствовали классы начальной ступени. С 1995 школе вернули статус общеобразовательного учреждения со всеми ступенями образования. В 2005 построена многофункциональная спортивная площадка.
В период 2007-2008 в школе состоялся капитальный ремонт, учреждение было оснащено всеми современными техническими средствами.
В школе работает 70 человек, в том числе 48 педагогических работников. Имеют ведомственные знаки отличия - «Отличник народного просвещения» - 2 человека; «Почетный работник общего образования Российской Федерации» - 4 человека; грамотой Министерства образования Российской Федерации награждены 6 человек.
В настоящее время в образовательном учреждении обучается 488 учащихся в 17 классах. Обучение с использованием элементов дистанционных технологий проходят 4 человек с ограниченными возможностями здоровья.
В 2009 году в школе создано первое в Санкт-Петербурге структурное подразделение «Центр Информатизации Образования» (ЦИО) с целью организации системы дистанционного обучения детей-инвалидов и детей с ограниченными возможностями здоровья. ЦИО обеспечивает консультирование и обучение родителей учащихся, получающих образование в дистанционной форме, техническую поддержку образовательного процесса, создание информационных ресурсов в виде курсов дистанционного обучения, подбор сетевых источников (специализированных сайтов и порталов), соответствующих образовательным возможностям и потребностям обучающихся. За счёт средств бюджета в ГБОУ СОШ №6 приобретен программно-аппаратный комплекс «ПЕЛИКАН», предназначенный для работы учителя с детьми, которые не могут находиться на уроке по состоянию здоровья. Программно-аппаратный комплекс позволяет ученику, имея только ноутбук (стационарный компьютер), гарнитуру и интернет-канал (не больше, чем для youtube) присутствовать на традиционном занятии дистанционно. При ЦИО образовался и активно развивается коллектив специалистов в области дистанционного образования и коммуникаций.
На базе ГБОУ СОШ №6 работают студии и кружки в рамках дополнительного образования: «Робототехника», «Город-Музей», «Театральная студия», «Английский клуб», «Алхимик», «Школа безопасности», «Клуб Дебаты». С января 2017 открыт школьно-спортивный клуб «Чемпион» с секциями: спортивно-бальные танцы, волейбол баскетбол, шахматный клуб. Количество учащихся, посещающих кружки, студии и секции школы, составляет более 400 чел или 85% от общего контингента обучающихся школы. Дети ОУ, занимающиеся в шахматном клубе принимают участие в шахматных турнирах районного конкурса «Белая ладья», городского и Всероссийского уровней, в товарищеских матчах между школами и клубами района и города. На базе школы традиционно, уже на протяжении 10 лет проводится школьная экономическая игра.
В школе разработана программа воспитательной деятельности «Успехи, достижения, ожидания». В школе разработаны индивидуальные планы профилактической работы в соответствии с требованиями законодательства.
Обучающиеся школы активно принимали участие в Международной конференции «Школьная информатика и проблемы устойчивого развития», в международном игровом конкурсе по литературе «Пегас-2017», в международных фестивалях «Робофинист» - соревнованиях по робототехнике и механотроники, в молодежных робототехнических городских соревнованиях «Кубок РТК» в номинации «Искатель 2.0». В школе сформирована команда учеников, которая ежегодно принимает участие в Открытом городском чемпионате Санкт-Петербурга по дебатам, в том числе в городском кубке Школьной лиги дебатов Санкт-Петербурга.
Педагогическим коллективом школы разработана программа развития школы в рамках темы «Равенство образовательных возможностей для успешной жизни в будущем».
Коллектив школы принимает активное участие в развитии районной инновационной деятельности, являясь с 2013 по 2016 опытно-экспериментальной площадкой по теме «Создание модели использования школьной инфраструктуры как дидактического ресурса учебно-исследовательской и проектной деятельности учащихся». Коллективом разработана теоретическая модель применения технологии кейсов, направленная на обучение школьников осуществлять самостоятельную исследовательскую деятельность. С января 2017г школа получила статус городской опытно-экспериментальной площадки по теме «Современные технологии образовательной деятельности, ориентированные на предоставление доступного качественного математического образования в общеобразовательной школе». Основная идея проекта – использование современных технических возможностей общеобразовательной школы для развития доступного и качественного математического образования посредством технологии онлайн присутствия.
В 2020 году девятиклассник ГБОУ СОШ № 6 Василеостровского района занял первое место в олимпиаде НТИ по профилю «Искусственный интеллект»
Достоверность решения задачи составила 95-96%, что превышает результат человека (Human benchmark, составляющий 80-81%), а также результаты команд разработчиков Сбербанка и МФТИ (73-74% и 69-71%, соответственно).
В 2021 году обучающиеся школы вышли полуфинал Всероссийского конкурса «Большая перемена».